Penguasa Misteri berlatar di dunia lain yang memikat—perpaduan menawan antara Eropa era Victoria dan nuansa steampunk.
Menceritakan Zhou Mingrui, yang terbangun di dunia aneh ini dalam tubuh Klein, seorang mahasiswa sejarah yang sebelumnya tewas secara misterius. Hidup biasa Klein berubah drastis ketika ia mendapatkan kekuatan tak terduga dan terlibat dalam petualangan lintas waktu yang penuh bahaya.
Zhou kemudian bergabung dengan institusi Beyonder ternama, menjelajahi wilayah yang dipenuhi ancaman, dan mengungkap misteri di balik pemanggilannya ke dunia ini.